江苏通航建设工程有限公司实行股东大会之下的总经理负责制。  股东大会选择产生公司董事会、董事长。由董事长聘任总经理，实行总经理负责制。  公司董事长、总经理康海波，董事副总经理吕国林、陆万泉、鄢俊华。监事：刘继军。  
       下设部门：
       1、总经理室，行政财务部，经营部，安全部，航道项目管理部，疏浚项目管理部，打捞安装管理部，市政项目管理部。测绘项目管理部，航评项目管理部。
       2、南通航图测绘工程有限公司，南通航迦力航务工程有限公司，江苏通航试验检测中心。
        3、项目部，602船队，105船队、001船队、003船队。正场码头。