1994年6月30日  南通市航务工程总公司成立。由时任航道处副主任的黄锦寿任总经理。航道处下属疏浚队、维修队、测量队和各县站施工队都在业务上归属于总公司领导。总公司本部拥有100吨救星号、60吨602船两条打捞船。为市航道处二级法人单位。
     1994年-1996年黄锦寿、黄兵、徐守余（已故）先后任总经理。沙培、葛明成、陆建新任副总经理。
     1996年-2001年总经理赵建，1999年-2000年季锡如党支部书记。陆斌、张新、陆万泉、储开余任副总经理。
      2001年-2002年总经理康海波。陆兵、陆万泉任副总经理。
      2003年改制为南通市航务工程有限公司。